Referee report. For: Clues to finding correlates of risk/protection for HIV-1 vaccines [version 2; referees: 2 approved with reservations]
Notice bibliographique
Résumé
Based on outcomes of informative HIV-1 vaccine prevention trials and the literature, it seems protection against HIV-1 acquisition more likely pertains to innate rather than adaptive immunity mechanisms. The proposed innate mechanism appears to be launched by alternatively activated macrophages in response to viral vectors and might be enhanced by natural female hormones. It was also suggested this novel immune mechanism was not likely amenable to discovery using standard or traditional approaches and is unlikely to be present in non-human models. A plausible, candidate innate mechanism with these characteristics pertains to the induction and production of human endogenous retrovirus–K102 (HERV-K102) particles by viruses which occurs in and generates foamy macrophages. HERV-K102 has salient features of non-pathogenic foamy retroviruses and its activation is part of the human-specific HERV-K HML-2 protective response described in HIV-1 patients. HERV-K102 particle production may be a novel and phylogenetically more recent form of innate immunity remarkably involving a viral anti-viral response. Accumulating clinical, biological and phylogenetic evidence supports a role of the HERV-K102 virus along with HML-2 responses, in the antagonism of HIV-1 replication and/or in the prevention of HIV-1 acquisition. Thus, it will be important to test the hypothesis that HERV-K HML-2 activation, HERV-K102 particle production and antibodies and T cell responses to select HERV-K102 or HML-2 antigens might comprise correlates of protection in HIV-1 vaccine prevention trials. Other proposed work would be to expand existing studies in HIV-1 highly exposed seronegative cohorts (HESN) and elite controllers to further evaluate a role of HERV-K102 and HML-2 in protection against HIV-1 replication and acquisition. The results of such inquiries may have important ramifications for the HIV-1 cure in addition to vaccines.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,111 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,001 |
| Communication savante | 0,005 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,010 | 0,006 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,518 | 0,351 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».