Referee report. For: HormonomicsDB: a novel workflow for the untargeted analysis of plant growth regulators and hormones [version 2; peer review: 2 approved]
Notice bibliographique
Résumé
Background Metabolomics is the simultaneous determination of all metabolites in a system. Despite significant advances in the field, compound identification remains a challenge. Prior knowledge of the compound classes of interest can improve metabolite identification. Hormones are a small signaling molecules, which function in coordination to direct all aspects of development, function and reproduction in living systems and which also pose challenges as environmental contaminants. Hormones are inherently present at low levels in tissues, stored in many forms and mobilized rapidly in response to a stimulus making them difficult to measure, identify and quantify. Methods An in-depth literature review was performed for known hormones, their precursors, metabolites and conjugates in plants to generate the database and an RShiny App developed to enable web-based searches against the database. An accompanying liquid chromatography – mass spectrometry (LC-MS) protocol was developed with retention time prediction in Retip. A meta-analysis of 14 plant metabolomics studies was used for validation. Results We developed HormonomicsDB, a tool which can be used to query an untargeted mass spectrometry (MS) dataset against a database of more than 200 known hormones, their precursors and metabolites. The protocol encompasses sample preparation, analysis, data processing and hormone annotation and is designed to minimize degradation of labile hormones. The plant system is used a model to illustrate the workflow and data acquisition and interpretation. Analytical conditions were standardized to a 30 min analysis time using a common solvent system to allow for easy transfer by a researcher with basic knowledge of MS. Incorporation of synthetic biotransformations enables prediction of novel metabolites. Conclusions HormonomicsDB is suitable for use on any LC-MS based system with compatible column and buffer system, enables the characterization of the known hormonome across a diversity of samples, and hypothesis generation to reveal knew insights into hormone signaling networks.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,011 | 0,062 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,006 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,651 | 0,422 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».