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Enregistrement W4416656588 · doi:10.5256/f1000research.171274.r321084

Referee report. For: Identification of high-performing antibodies for SPARC-related modular calcium-binding protein 1 (SMOC-1) for use in Western Blot and immunoprecipitation [version 2; peer review: 2 approved]

2024· article· en· W4416656588 sur OpenAlexfundno aff
Christian Tiede

Notice bibliographique

RevueFaculty of 1000 Research Ltd · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueBone and Dental Protein Studies
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchMitacsGovernment of CanadaOntario GenomicsGenome Canada
Mots-clésImmunoprecipitationIdentification (biology)Western blotAntibodyModular designBlot

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

SPARC-related modular calcium-binding protein 1, otherwise known as SMOC-1, is a secreted glycoprotein involved in various cell biological processes including cell-matrix interactions, osteoblast differentiation, embryonic development, and homeostasis. SMOC-1 was found to be elevated in asymptomatic Alzheimer’s disease (AD) patient cortex as well as being enriched in amyloid plaques and in AD patientcerebrospinal fluid, arguing for SMOC-1 as a promising biomarker for AD. Having access to high-quality SMOC-1 antibodies is crucial for the scientific community. It can ensure the consistency and reliability of SMOC-1 research, and further the exploration of its potential as both a therapeutic target or diagnostic marker.. In this study, we characterized seven SMOC-1 commercial antibodies for Western blot and immunoprecipitation, using a standardized experimental protocol based on comparing read-outs in knockout cell lines and isogenic parental controls. We identified successful antibodies in the tested applications and encourage readers to use this report as a guide to select the most appropriate antibody for their specific needs.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,006
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,060
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche, Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: Évaluation · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Commentaire · Signal consensuel: Commentaire
Score de désaccord entre enseignants0,994
Score d'incertitude au seuil0,657

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0060,060
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0030,002
Études des sciences et des technologies0,0030,001
Communication savante0,0020,002
Science ouverte0,0020,003
Intégrité de la recherche0,0050,004
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,5390,291

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,097
Tête enseignante GPT0,410
Écart entre enseignants0,312 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
DomaineÉvaluation
GenreCommentaire

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentnon

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