Analytical performance evaluation of the biofire SPOTFIRE respiratory and sore throat panel
Notice bibliographique
Résumé
The new SPOTFIRE Respiratory/Sore Throat (R/ST) Panel, approved as a Point of Care Test (POCT), enables the detection of 15 respiratory pathogens from nasopharyngeal swabs (NPS) or throat swabs (TS) within 17 min. This study aimed to verify the performance of the assay. A total of 28 NPS specimens (23 positive for 1 or 2 targets; 5 negative) and 37 TS (20 culture positive for Streptococcus pyogenes or Streptococcus dysgalactiae; 17 culture negative) were analyzed. Results were compared to the BioFire respiratory panel 2.1 (RP2.1) for NPS and S. pyogenes and S. dysgalactiae culture for TS. Contrived TS were created to assess the detection of influenza A/B and SARS-CoV-2, as well as the limit of detection (LoD) of the Streptococcus targets. For NPS, the SPOTFIRE R menu demonstrated 100 % positive percent agreement (PPA) with reference results for all targets included, and 92-100 % negative percent agreement (NPA). The PPA and NPA for the detection of S. pyogenes and S. dysgalactiae from TS and culture were 100 %. All TS replicates at concentrations around the LoD for S. pyogenes and S. dysgalactiae yielded positive results. Data from this study suggest that influenza A/B, RSV and SARS-CoV-2 are effectively detected from TS by the SPOTFIRE. In conclusion, the SPOTFIRE R/ST Panel demonstrated high agreement with the reference methods for the detection of viral and bacterial targets from NPS and the detection of S. pyogenes and S. dysgalactiae from TS Additionally, prospective studies will be required to establish the clinical impact of ultra-rapid POCT.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».