Characterisation of pharmacogenomic variation in the Shetland and Orkney Isles in Scotland
Notice bibliographique
Résumé
Genetic variation is partly responsible for variability in drug response across populations. However, the full catalogue of pharmacogenetic variants and their distribution are yet to be established, thus posing challenges in implementing individualised medicine in understudied populations. This study aimed to characterise variation in key drug response genes across founder populations from the Northern Isles of Scotland. We analysed whole genome sequence datasets from 498 Shetlanders and 1372 Orcadians, the majority of whom are research participants in the Viking Genes programme, and compared the genetic variation in 41 selected pharmacogenes with observed distributions in other European datasets. From this gene-set, we present frequencies of known and potentially novel star alleles (haplotypes and structural variants) for 18 core pharmacogenes analysed using StellarPGx, and variant distributions in 23 other selected pharmacogenes with existing clinical annotations in ClinPGx ( https://www.clinpgx.org ). Despite important differences in the frequencies of rare and/or novel potentially high-impact variants, the distributions of the well-studied common actionable pharmacogene star alleles do not vary dramatically across Shetland, Orkney, and the European populations represented in the 1000 Genomes Project or allele frequency meta-analyses in ClinPGx. Importantly, for gene-drug pairs with Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium Guidelines, we estimated (based on diplotypes alone) that the proportion of participants in the combined dataset that may benefit from a change in dose/drug ranged from 0 to 50.5%, depending on the gene-drug pair. Overall, understanding the landscape of pharmacogenomic variation in Shetland and Orkney is an important step towards implementation of precision medicine across rural Scotland.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».