ExD vs EThcD: What’s Better for the Direct Sequencing of Endogenous Amphibian Disulfide Peptides
Notice bibliographique
Résumé
Intact amphibian skin peptides, apart from their intrinsic interest, are a challenging model system to demonstrate direct sequencing, avoiding any preliminary derivatization steps. They are relatively long (up to 46-mer), contain an intramolecular disulfide bridge, and include a number of isomeric Leu/Ile residues. Sixteen intact peptides from the skin secretion of the Rostov (Russia) population of Pelophylax ridibundus were studied in the present research using EThcD, ExD, and ExciD fragmentation. Comparison of the efficiency of EThcD and ExD tandem mass spectrometry approaches demonstrated that both are appropriate for the direct sequencing of these peptides. Although the majority of the isomeric Leu/Ile residues could be differentiated using w -ions, the usefulness of d -ions, especially inside C-terminal disulfide rings, was also demonstrated. The d -ions arise more often in ExD/ExciD than in the EThcD mode. EThcD and ExciD are complementary methods and together distinguished more isomeric residues than either of them alone. While both methods provided similar sequence information within intact C-terminal S–S loops, their combined use consistently yielded 100% sequence coverage. ExciD demonstrated superior results in determining peptide sequences due to the higher yield of all fragment ion types, establishing complete sequences for all peptides, including that of the longest (46-mer) esculentins, compared to six with EThcD alone. The increased number of characteristic ions ( c/z and b/y ) in ExciD further enhanced confidence in the sequence assignments. Ultimately, the complementary use of ExciD and EThcD resulted in reliable 100% sequence coverage for all 16 intact disulfide peptides analyzed in this study.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».