Totivirus–satellite coinfection prevalence and host genotype associations in wild <i>Saccharomyces cerevisiae</i>
Notice bibliographique
Résumé
Saccharomyces cerevisiae is occasionally infected by dsRNA totiviruses and their toxin-encoding dsRNA satellite nucleic acids. The autonomous totivirus and its satellite can coexist but with an asymmetric dependence of the satellite on the totivirus for replication and maintenance inside the host cell. Satellites provide their yeast hosts with inhibitory toxins and the necessary self-immunity; loss of the satellite equates to loss of toxin immunity. Because these viral elements lack known extracellular stages, and sex is suspected to be rare, they are assumed to be transmitted vertically, implying that infection states should correlate with host genotypes. However, totivirus-satellite coinfections are rarely examined in natural populations, leaving their associations with host genotypes poorly understood. We screened a multiyear, vineyard-associated population of S. cerevisiae isolates from New Zealand to examine the stability of host-virus associations over time, both within and across genotypes. Over half of the wild isolates harbored infections (55%), but less than half of these (37% of infected) had toxin-encoding satellites. Genotypes that persisted across years typically maintained consistent infection states. However, we also observed stepwise transitions from coinfection through infection to an infection-free state, as well as acquisition of totiviruses and satellites. Genotypes clustered strongly by infection state, and population heterozygosity was significantly lower than expected, supporting vertical transmission while suggesting that outcrossing is not responsible for the acquisition of higher infection states. Despite occasional intragenotypic transitions, genotype clustering by infection state remained intact, suggesting that such transitions are transient and that host genotypes may have optimal infection states with regard to totiviruses and their satellites.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».