Transmission of carbapenemase-producing Enterobacter in Ontario, Canada: a retrospective genomic analysis
Notice bibliographique
Résumé
Carbapenemase-producing Enterobacter (CP-Ent) are the third most prevalent species of CP-Enterobacteriaceae worldwide and exhibit greater strain diversity than other CP-species. This study aimed to describe the genomic epidemiology of CP-Ent in south-central Ontario, Canada. CP-Ent isolates collected from colonised/infected patients identified by population-based surveillance in Toronto/Peel Region, Canada (2007-2020), sink/shower drains in 12 regional hospitals (2016-2019), and five municipal wastewater treatment plants (2015, 2017) were analysed to assess relationships between patient and environmental CP-Ent. Clinical data were collected by chart review/patient interview. CP-Ent isolates were sequenced by Illumina. Genomic analysis included Snippy, IQ-Tree, and ClonalFrameML; ≤ 20 single-nucleotide variant differences defined strains. CP-Ent colonisation/infection incidence increased from 2007-2020. Overall, 3.5% of sink/shower drains and 22% of municipal wastewater cultures yielded CP-Ent. Patient and sink/shower drain isolates were similar in species and carbapenemases produced; municipal wastewater isolates were distinct. Forty-one of 116 patients (35%) belonged to 15 transmission clusters: 5/15 (33%) included drain isolates, and 32/41 (78%) patients were linked to others in the same hospital, including 22 (54%) linked by stays in the same ward. Patients were more likely to be linked by ward exposure at different times versus the same time in wards with sink/shower drains yielding CP-Ent versus those without (13/19 vs 2/23, p=<.001). Despite transmission control efforts, a significant proportion of CP-Ent are part of hospital transmission clusters; sink/shower drains may be implicated in transmission. It is likely that undetected patients, drains and/or other reservoirs contribute to CP-Ent transmission in the studied population.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».