Transmission of carbapenemase-producing Enterobacter in Ontario, Canada: a retrospective genomic analysis
Notice bibliographique
Résumé
Carbapenemase-producing Enterobacter (CP-Ent) are the third most prevalent species of CP-Enterobacteriaceae worldwide and exhibit greater strain diversity than other CP-species. This study aimed to describe the genomic epidemiology of CP-Ent in south-central Ontario, Canada. CP-Ent isolates collected from colonised/infected patients identified by population-based surveillance in Toronto/Peel Region, Canada (2007-2020), sink/shower drains in 12 regional hospitals (2016-2019), and five municipal wastewater treatment plants (2015, 2017) were analysed to assess relationships between patient and environmental CP-Ent. Clinical data were collected by chart review/patient interview. CP-Ent isolates were sequenced by Illumina. Genomic analysis included Snippy, IQ-Tree, and ClonalFrameML; ≤ 20 single-nucleotide variant differences defined strains. CP-Ent colonisation/infection incidence increased from 2007-2020. Overall, 3.5% of sink/shower drains and 22% of municipal wastewater cultures yielded CP-Ent. Patient and sink/shower drain isolates were similar in species and carbapenemases produced; municipal wastewater isolates were distinct. Forty-one of 116 patients (35%) belonged to 15 transmission clusters: 5/15 (33%) included drain isolates, and 32/41 (78%) patients were linked to others in the same hospital, including 22 (54%) linked by stays in the same ward. Patients were more likely to be linked by ward exposure at different times versus the same time in wards with sink/shower drains yielding CP-Ent versus those without (13/19 vs 2/23, p=<.001). Despite transmission control efforts, a significant proportion of CP-Ent are part of hospital transmission clusters; sink/shower drains may be implicated in transmission. It is likely that undetected patients, drains and/or other reservoirs contribute to CP-Ent transmission in the studied population.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».