A cytometric framework to assess trends in the morphological structure of bacterioplankton communities along freshwater environmental gradients
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Notice bibliographique
Résumé
Bacterioplankton communities are characterized by varying distributions of cell size, shape and internal complexity, and macromolecular composition, yet there have been few attempts to quantitatively describe this complex community structure and to assess how it varies among communities and habitats. Here we present a framework to assess this morphological structure, based on the analysis of dot clouds resulting from flow cytometric measurements of side and forward scatter and cell fluorescence of individual bacterioplankton cells. Each community has a characteristic cytometric dot cloud, which forms an ellipsoid that can be described by a combination of metrics that quantify its shape, elongation, volume, orientation, and internal complexity. We apply this framework to assess how the bacterioplankton morphological structure (BMS) varies in 637 lakes distributed across Canada, covering a wide range of limnological, watershed, and climatic features. We show that there is a BMS core, which is characterized by small, simple and oblate shapes, and low overall fluorescence i.e. present in all lakes but is prevalent in oligotrophic lakes with hydrologically less evaporated water and low retention time, likely reflecting mass effects and allochthonous bacterial inputs. We further show that along gradients of increasing network water residence time, system productivity and dissolved organic carbon enrichment, there is a clear succession wherein BMS becomes increasingly dispersed, complex, and prolate shapes, likely reflecting environmental selection of aquatic taxa.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle