The effects of short-term hypoxia on hypoxia-inducible factor 1 alpha mRNA and microRNA in Fundulus heteroclitus
Notice bibliographique
Résumé
Hypoxia-inducible factor 1 (Hif1) is responsible for coordinating and regulating much of the response to acute hypoxia in vertebrates. This complex response is multifactorial, involving a large network of regulators. Within this network, epigenetic modulators, such as microRNA (miRNA), have garnered increasing interest due to their ability to regulate and fine-tune a myriad of cellular processes. Thus, we aimed to determine the effects of acute mild hypoxia on four known hypoxia-responsive miRNAs, along with three hypoxia-related transcripts. To do this, we exposed Atlantic killifish, Fundulus heteroclitus , to either normoxic (~ 8.70 mg O 2 l −1 ) or mild hypoxic (~ 2.40 mg O 2 l −1 ) conditions and sampled the gills and brain tissue throughout the exposure (0, 1, 3, 6, 12 h). While mild hypoxia resulted in a downregulation of gill hif1α mRNA, one of its downstream targets, insulin-like growth factor-binding protein 1 ( igfbp1 ), was significantly upregulated. Furthermore, hif1α mRNA, along with several miRNAs (miR-18, miR-455-3p, and miR-222), varied across time, suggesting potential involvement of the circadian clock. Finally, we observed that mild hypoxia resulted in differential expression of miR-210-5p and miR-222 in the brain, but not the gills, indicating tissue-specific epigenetic differences. Collectively, our results emphasize the complexity of the Hif1-mediated hypoxic response, warranting further investigation into underlying epigenetic mechanisms. • Hypoxia downregulates hypoxia-inducible factor 1 alpha ( hif1α ) mRNA in the gills. • hif1α mRNA and some microRNAs are differentially expressed throughout the day. • Hypoxia upregulates gill insulin-like growth factor-binding protein 1 mRNA. • Short-term hypoxia alters miR-210-5p and miR-222 levels in the brain. • Regulation of hif1α is complex and responds to environmental stress and time of day.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».