Using CEST NMR to discover previously unobserved states on the free energy surface of proteins: Application to the L99A cavity mutant of T4 lysozyme
Notice bibliographique
Résumé
Carr-Purcell-Meiboom-Gill (CPMG) relaxation dispersion experiments establish that at room temperature the L99A cavity mutant of T4 lysozyme (L99A T4L) interconverts between two compact folded conformations on the millisecond timescale. These include the native state in which the sidechain of Phe114 is exposed to solvent (E state) and a near native minor state in which the aromatic moiety of Phe114 is buried in the core of the protein (B state, ∼2%). Molecular dynamics simulations that have captured the E to B interconversion in L99A T4L and related mutants suggest that these proteins adopt compact folded conformations other than E and B, yet extensive CPMG studies have not detected such states. In an effort to detect these more elusive conformers experimentally we have recorded Chemical Exchange Saturation Transfer (CEST) experiments, as the widths of minor state dips in the resulting CEST profiles are sensitive to additional, even more sparse, conformers. Analysis of amide 15 N and 13 CH 3 CEST profiles recorded on L99A T4L show that in addition to states E and B, a rare state (I) populated to ∼0.2 % (11.5 o C) exchanges rapidly with state B. CEST-based urea m -values establish that all three states are compact, with interconversion between them proceeding via compact transition states. This study highlights the utility of CEST to characterize the free energy surface of a protein by detecting states with a wide range of lifetimes (100 ms to 100 μs) in ways that are not possible using other relaxation-based NMR techniques.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».