Yogurt reintroduction and the circulating microbiome in healthy volunteers: protocol for a prospective, longitudinal, species-controlled crossover clinical trial (MAMI)
Notice bibliographique
Résumé
Background: Although the gut microbiome plays a crucial role for maintaining overall host homeostasis and metabolism, it is significantly influenced by dietary changes, leading to substantial temporal variations in microbial composition within and between individuals. Despite this, incidental fecal sampling remains the standard method for microbiome assessment. Recently, the blood microbiome, defined by microbial DNA (cmDNA) circulating in the bloodstream, has emerged as a potentially more stable and integrated alternative. Preliminary data suggest that blood microbiome analysis may offer more consistent insights than fecal-based approaches, although the methodological validity of the approach has been questioned. Method/design: This study aims to establish or rule-out cmDNA as a representative of the gut microbiome. In a prospective, single-arm crossover trial, effects of dairy product withdrawal and reintroduction of a yoghurt with a known consortium of bacteria will be assessed in healthy volunteers aged 18-65. Participants will first abstain from all dairy products, a phase expected to reduce yogurt-associated cmDNA in the bloodstream. Yogurt will then be reintroduced, during which reappearance of cmDNA of specific bacteria (especially LGG, LA-5 and BB-12) is anticipated. Shotgun metagenomic sequencing will be used to track cmDNA dynamics over time. This longitudinal sampling approach will provide experimental evidence supporting the existence and responsiveness of the circulating microbiome, while also revalidating the bioinformatic pipeline used for its analysis. Conclusion: This pilot study will test whether blood-derived microbial DNA can serve as a valid surrogate for gut microbiome composition. If successful, this approach may provide a more stable and integrative alternative to fecal sampling and support future biomarker development and mechanistic research. Clinical trial registration: NCT06944002.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,028 | 0,023 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».