A proximity map of RAB GTPases delineates roles for RAB14 in EARP complex and UHRF1BP1 endosomal recruitments
Notice bibliographique
Résumé
RAB GTPases, the most abundant small GTPase family, regulate membrane trafficking, including cargo sorting, vesicle budding, transport, docking, and fusion. Guanine exchange factors and GTPase-activating proteins control their activity. Activated RABs recruit effectors to mediate trafficking, but identifying RAB-associated proteins is challenging due to the transient nature of their interactions. Recent proximity labeling techniques enable covalent tagging of nearby proteins, allowing for comprehensive mapping of RAB GTPases neighboring proteins. Here we report APEX2 proximity labeling of 23 human RABs and their neighboring proteomes. Bioinformatic analyses revealed proximal proteins for a broad range of RABs. Notably, we identified a novel interaction between RAB25 and DENND6A, with RAB25 overexpression promoting DENND6A recruitment to recycling endosomes. We also uncovered functional links between RAB14 and the EARP complex, as well as SHIP164 and its ortholog UHRF1BP1. Our dataset offers a valuable resource for exploring new functional connections between RAB GTPases and their associated proteins. Proximity labeling proteomics of RAB GTPases identifies an array of neighboring RAB proteins. Functional validation studies reveal links between RAB25 and DENND6A, or between RAB14 and either the EARP complex or the lipid transport protein UHRF1BP1.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».