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STREAMS guidelines: standards for technical reporting in environmental and host-associated microbiome studies
Julia M. Kelliher, Chloe Mirzayi, Sarah R. Bordenstein, Aaron Oliver, Christina A. Kellogg, Eneida Hatcher, Maureen Berg, Petr Baldrián, Mashael R. Aljumaah, Christina A. Miller, Chris Mungall, Vlastimil Novák, Alexis Palucki, Ethan Smith, Nazifa Tabassum, Gregory Bonito, J. Rodney Brister, Patrick Chain, Mingfei Chen, Samuel Degregori, José Pablo Dundore-Arias, Joanne Emerson, Vanessa Fernandes, Roberto Flores, Antonio G. González, Zoe A. Hansen, Scott A. Jackson, Ahmed M. Moustafa, Trent R. Northen, Nonia Pariente, Jennifer Pett‐Ridge, Sydne Record, Linta Reji, Anna‐Louise Reysenbach, Virginia I. Rich, Lorna Richardson, Simon Roux, Lynn M. Schriml, Reed S. Shabman, Maria A. Sierra, Matthew B. Sullivan, Punithavathi Sundaramurthy, Katherine M. Thibault, Luke Thompson, Scott Tighe, Ethell Vereen, Aaron Robinson, Abdoul Razck Sare, Abdulmalik A. Oladipupo, Adrien Vigneron, Ahmed A. Shibl, Alejandro De Santiago, Alexander J. Probst, Ali Navid, Alice C. McHardy, Alicia Clum, Alison Buchan, Alison E. Murray, Alla Lapidus, Andreas Bremges, Archana Anand, Ashvini Chauhan, Avishek Dutta, Bablu Kumar, Bela Hausmann, Benoit Chassaing, Braden Tierney, Brian P. Hedlund, Bridget Chalifour, Buck Hanson, Carly R. Muletz‐Wolz, Cassandra L. Ettinger, Chongle Pan, Chris Robinson, Christine Moissl-Eichinger, Chris Hunter, Christopher W. Schadt, Christos Ouzounis, Craig W. Herbold, Cristal Zúñiga, Cruz Mercedes Cecilia, Curtis Huttenhower, D. Lee Taylor, Daniel McDonald, Daniel D. Sprockett, Daniel P. Schachtman, Dennis J. Zhang, Dennis Metze, Devin Coleman‐Derr, Dominik Merges, Donald M. Walker, Donovan H. Parks, Durgesh Kumar Jaiswal, E. Anders Kiledal, Edoardo Pasolli, Elisha M. Wood‐Charlson, Elliott P. Barnhart, Emanuele Chisari, Emilie J. Skoog, Emily Graham, Emily Wissel, Emily Davenport, Emily St. John, Eric Cavanna, Erica B. Young, Erika Ganda, Federico M. Lauro, Francesco Asnicar, Francisca E. Rodriguez, Francisco Dini‐Andreote, Frederik Artz, Frederik Bak, Frederik Schulz, Gabriela Canto-Encalada, Gareth Trubl, Grace Pold, Gregorio Iraola, Hanareia Ehau‐Taumaunu, Heather R. Skeen, Hermes Hernan Bolivar-Torres, Hinsby Cadillo‐Quiroz, Holly M. Bik, Imelda Forteza, Ishi Keenum, Iyanu Oduwole, J. R. Saunders, Jack A. Gilbert, James R. Henriksen, Janani Hariharan, Jason A. Rothman, Jaume Puig, Jeffrey A. Kimbrel, Jesús Mercado‐Blanco, Jiarong Guo, João Carlos Setúbal, Joel F. Swift, Johannes R. Krause, Jonathan L. Klassen, Jordan E. Bisanz, Jorge L. Mazza Rodrigues, José Luís Balcázar, Josh D. Neufeld, B.A. E. R. SYKES, Joy E. M. Watts, Judson Van Wyk, Justine W. Debelius, Kaelan Prime, Karthik Anantharaman, K. S. Raman, Katherine D. McMahon, Kelly D. Goodwin, Kent Pham, Keren Yanuka‐Golub, Kevin S. Myers, Krista Ryon, Kristen Peach, Kunal Jain, Lewis M. Ward, L. Johnson, Leandro Nascimento Lemos, Lee Ann McCue, Lennel A. Camuy‐Vélez, Levi Waldron, Lílian Caesar, Liping Zhao, Lisa Karstens, Lorena Rodríguez‐Rubio, Maite Muniesa, Maneesh Dave, Marc W. Van Goethem, Maria Pachiadaki, Mariana Lozada, Marie Kroeger, Mark McCauley, Mark A. Miller, Matthew Grisnik, Matthew Kellom, Melissa A. Cregger, Mia M. Howard, Michael Poulsen, Michelle A. Allen, Mireia Valles‐Colomer, Mitiku Mihiret Seyoum, Moamen M. Elmassry, Montana Smith, Mostafa S. Elshahed, Natascha S. Varona, Neslihan Taş, Nicholas J. B. Brereton, Nicola G. Kriefall, Nicola Segata, Noha H. Youssef, Özge Eyice, Paul D. Cotter, Peter J. Turnbaugh, Petra Pjevac, Phillip B. Pope, Pilar Junier, Pratyay Sengupta, Pubudu Handakumbura, Rebecca A. Reiss, Reese J Saho, Reid Longley, Renato Augusto Corrêa dos Santos, Rhiannon Mondav, Richard White, Robert J. Knight, Robert J. Gruninger, Roland C. Wilhelm, Rosanna A. Alegado, Samantha Miller, Sara L. Jackrel, Sarahi L. Garcia, Sarai S. Finks, Sean P. Jungbluth, Sehyun Oh, Sergio E. Baranzini, Sergio Sánchez-Carrillo, Shane Roesemann, Sierra Moxon, Sigmund Jensen, Sneha Couvillion, Stephania L. Tsola, Stephanie A. Yarwood, Sunil Mundra, Susan H. Brawley, Suzanne B. Hodgkins, Tanja Woyke, Theodore M. Nelson, Thomas Möck, Tyler Myers, W. Judson Hervey, William Boulton, William Nelson, Winston Anthony, Xiao‐Jun Allen Liu, Xuefeng Peng, Yaqi You, Ying Zhang, Yun Kit Yeoh, Zachary M. Burcham, Emiley A. Eloe‐Fadrosh
Notice bibliographique
RevueNature Microbiology · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGut microbiota and health
Établissements canadiensAgriculture and Agri-Food CanadaUniversity of WaterlooLaurentian UniversityUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical Sciences
Mots-clésMicrobiomeChecklistResource (disambiguation)Human microbiomeHuman Microbiome ProjectData sharing
Résumé
Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.
Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,418
Score d'incertitude au seuil0,820
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,374
Écart entre enseignants0,359 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».
En bref
Citations6
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentnon