Elucidating Continental‐Wide Phylogeographic and Adaptive Processes Shaping the Genome‐Wide Diversity of North America's Most Widely Distributed Tree
Notice bibliographique
Résumé
Past population dynamics during the Pleistocene ice age and the Holocene era have profoundly influenced the genetic structure and diversity of species. Environmental heterogeneity has further shaped local and regional adaptive variation. Here, we ask how historical processes have led to the current genetic diversity of a key North American species across its vast natural range and what genomic signatures indicate regional adaptive divergence and local adaptation. We used sequencing data from 1903 Populus tremuloides Michx. (quaking aspen) trees to assess historical population dynamics and identify genotype -environment associations within and among the species' major genetic lineages. The two northern and western North American aspen lineages exhibited historical population expansion patterns, while the southernmost lineage experienced a historical bottleneck consistent with past glacial oscillations. We found that the earliest split between genetic lineages of P. tremuloides occurred in the southern part of its distribution range. We further identified larger blocks of adaptive SNPs within separate genomic sequence regions on chromosomes 2 and 8 that may exhibit suppressed genetic recombination, contributing to the maintenance of regional and local adaptation in the species. Our study provides key insights into the evolutionary processes affecting adaptive genetic variation and phylogeography at a broad continental and regional scale, with implications for predicting species' responses to future climate change.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».