Stable, intronic RNAs explain preservation of introns in <i>Cyanidioschyzon merolae</i>
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Despite recent work identifying functional roles for introns, we lack a broad understanding of why some introns are preserved while others are removed. Here, we use the thermophilic red alga, Cyanidioschyzon merolae , as a model to investigate why only 39 of the approximately 2000 ancestral introns were preserved in this lineage. We observe that 23 of the 39 introns encode stable RNAs, 11 of which represent a novel class of non-coding RNA (ncRNA), which we call stable intronically-encoded RNAs (sieRNAs). These novel ncRNAs are expressed constitutively under normal growth conditions and are conserved in other extremophilic algae. One sieRNA, Q270 , is predicted to stabilize a chloroplast polycistronic transcript encoding 17 ribosomal protein genes through direct antisense base pairing. Strikingly, all sieRNAs are polyadenylated under heat stress with long tails ranging from 50-200 nucleotides long, linking them to a potential heat stress response that may be critical for heat adaptation. Furthermore, DMS-MaP chemical probing revealed that some sieRNAs contain three-way junctions, a common RNA regulatory element, while others undergo accessibility shifts between in vivo and in vitro conditions, indicative of cellular interactions. Our findings suggest that introns in C. merolae are preserved to encode ncRNAs and suggest that introns may serve as hosts for regulatory RNAs across eukaryotes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».