Differential sampling for genetic analyses of Treponema pallidum and for radiocarbon dating in archaeological bone
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: Molecular recovery of T. pallidum DNA in dry bone poses methodological challenges. Here we evaluate recovery success from a molecularly confirmed co-infection with yaws (T. pallidum pertenue) and plague (Y. pestis). MATERIALS: Pulverised bone from three pathological anatomical elements from individual AGU007 excavated from Aguonų street, Vilnius, Lithuania was used for DNA analysis. Three additional anatomical elements from individual AGU007 were used to obtain radiocarbon dates. METHODS: High-throughput sequencing of bulk DNA content followed by computational analysis. DNA sequencing and genomic analysis following molecular enrichment for T. pallidum. Radiocarbon dating combined with computational molecular dating. RESULTS: T. pallidum and Y. pestis DNA were identified in a cranial fragment from individual AGU007. Radiocarbon dates from this individual combined with another narrowed the temporal range to the latter part of the 15th century at the 2-sigma level. CONCLUSIONS: Detection of T. pallidum DNA in multiple skeletal elements from an individual confirmed to have an active yaws infection at time of death gave further insight into preferred sampling locations for molecular detection of treponemal infections. While the highest molecular recovery came from teeth, the parietal bone provided adequate recovery. SIGNIFICANCE: This research indicates that sampling for molecular analysis of T. pallidum infections should include (if available) one tooth and one lesion indicative of active infection at the time of death. Accommodating radiocarbon date probability distributions and Bayesian inference has the potential to increase molecular dating precision. LIMITATIONS: T. pallidum DNA preservation is not predictable across the skeleton. SUGGESTIONS FOR FURTHER RESEARCH: We encourage ethical and minimalist sampling strategies for further research.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,003 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».