Mycobacteriophage Mcgavigan Uses Noncanonical Bxb1‐Like Repressor for Heterotypic Superinfection Immunity
Notice bibliographique
Résumé
Mycobacteriophage Mcgavigan could be a promising candidate for use as a preventative agent against infections with Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis. Bioinformatic analysis of the Mcgavigan genome revealed the presence of an operon containing a "Bxb1-like" repressor. The operon may have been acquired by the phage through horizontal gene transfer with a Bxb1-like mycobacteriophage in its evolutionary past. We sought to investigate the function of the acquired repressor as a potential regulator of lysogeny or as a source of heterotypic superinfection immunity. Recombineering with CRISPR counter-selection was employed to achieve a clean deletion of the Bxb1-like repressor from Mcgavigan's genome. Integrase was also deleted as a means of creating a lytic-only phage for comparison purposes and the elimination of lysogeny with this edit was confirmed. To test phenotypic changes which resulted from these deletions, several parameters such as burst size, latency period, and killing efficiency were measured for each knockout mutant and lysogeny was tested. The integrase deletion mutant had complete lysogeny abolishment and performed similarly to wild-type phage on all measured parameters. The deletion of the Bxb1-like repressor did not affect the lysogenic capability of the phage. Whereas Mcgavigan lysogens are typically immune to superinfection from Terelak, a mycobacteriophage related to Bxb1, lysogens created from Mcgavigan with the Bxb1-like repressor deletion were completely resensitized to heterotypic superinfection by Terelak. This suggested that this repressor was acquired by Mcgavigan through horizontal gene transfer for the purposes of superinfection immunity against cluster A1 mycobacteriophages and was not used for maintenance of lysogeny.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».