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Enregistrement W4416983866 · doi:10.1038/s41467-025-66244-3

Discovery of an allosteric binding site for anthraquinones at the human P2X4 receptor

2025· article· en· W4416983866 sur OpenAlexfundno aff
Jessica Nagel, Vigneshwaran Namasivayam, Stephanie Weinhausen, Juan Sierra‐Marquez, Younis Baqi, Hashem Ali M. Al Musawi, Aliaa Abdelrahman, Victoria J. Vaaßen, Jonathan G. Schlegel, Lisa Taplick, Jane Torp, Jan Kubíček, Barbara Maertens, Matthias Geyer, Tobias Claff, Annette Nicke, Gregor Hagelueken, Christa E. Müller

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAdenosine and Purinergic Signaling
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesPrecursory Research for Embryonic Science and TechnologyInstitute of GeneticsForschungszentrum JülichBundesministerium für Bildung und ForschungDeutsche ForschungsgemeinschaftDeutscher Akademischer Austauschdienst
Mots-clésAllosteric regulationAnthraquinonesReceptorDocking (animal)Binding siteAnthraquinoneTrimerDrug discoveryPhotoaffinity labeling

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

P2X receptors are trimeric ATP-gated ion channels. The P2X4 receptor subtype is a promising drug target for the treatment of inflammatory diseases, neuropathic pain, and cancer. Here, the water-soluble anthraquinone derivative Cibacron Blue, previously described as a P2X4 receptor modulator, is selected as a lead structure, and structure-activity relationships are investigated. A chimeric receptor approach, combined with mutagenesis and docking studies, is applied to identify the allosteric binding site and the interacting amino acid residues. We discover that Glu307, located in the upper body of the receptor, is prone to form an intermolecular "ionic lock" with basic amino acid residues, thereby preventing high-affinity binding of anthraquinone derivatives. Exchange of Glu307 for threonine leads to a dramatic potency increase for anthraquinones in blocking P2X4 receptor function. The structure of the human P2X4-E307T receptor in complex with the anthraquinone derivative PSB-0704 is determined by cryo-electron microscopy at a resolution of 3.35 Å. This reveals an allosteric binding site in the upper body at the interface of the receptor trimer subunits, which differs from previously described allosteric sites on P2X receptors. Our results provide a rational basis for structure-based drug design towards potent and selective P2X4 receptor antagonists.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,331
Écart entre enseignants0,314 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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