FET-Rearranged Myoepithelial Tumors Are Clinically Heterogeneous and Epigenetically Distinct from <i>PLAG1</i> -Rearranged Adnexal and Salivary Gland Myoepithelial Tumors
Notice bibliographique
Résumé
PURPOSE: Fusion-positive myoepithelial tumors (MET) are clinicopathologically heterogeneous and variably termed mixed tumors and myoepithelial carcinomas. As FET-rearranged METs lack ductal/epithelial differentiation, we test whether FET-rearranged METs are epigenetically distinct from adnexal PLAG1-rearranged METs, which we hypothesize to be analogues of salivary gland METs. EXPERIMENTAL DESIGN: DNA methylation profiling from a multi-institutional cohort of 52 fusion-positive skin, soft-tissue, and bone MET cases was performed and compared with diverse tumor types, including salivary METs. The MET subgroups harbored EWSR1::KLF15, EWSR1/FUS::KLF17, EWSR1::PBX1, EWSR1::PBX3, EWSR1/FUS::POU5F1, SS18::POU5F1, EWSR1::ZNF444, and PLAG1 rearrangements. Pooled clinicopathologic and outcome analysis with new and published cases (total 185) was performed. RESULTS: The MET subgroups showed significant heterogeneity in age, site, and histology. Specifically, EWSR1::KLF15 METs affected predominantly young children (<5 years); EWSR1::PBX1/PBX3 METs were enriched in skin/bone; and EWSR1/FUS::POU5F1, SS18::POU5F1, and EWSR1::KLF15 METs tended to display malignant histology. Conversely, PLAG1-rearranged tumors were predominantly benign, arising in older adults and located in the skin. DNA methylation profiling revealed that FET-rearranged METs were epigenetically related to SS18::POU5F1 METs and FET::NFATC2 sarcomas but entirely distinct from PLAG1-rearranged adnexal and salivary METs. Histologic features were correlated with the degree of genome-wide copy-number variation. The median disease-specific survival was shortest in SS18::POU5F1 (31 months), EWSR1::PBX3 (38 months), and EWSR1::KLF15 (45 months) METs. On multivariate analysis, age <25 years was a significant predictor of worse progression-free survival. CONCLUSIONS: FET-rearranged METs are epigenetically unrelated to cutaneous and salivary gland METs, and their malignant counterparts are best classified as sarcomas rather than carcinomas.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».