Abstract B013: Chromosomal rearrangements at the YAP/TAZ pathway genes are associated with heterogeneity and stem cell-like castration-resistant prostate cancer
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Untreated prostate tumors depend on androgen receptor (AR) for growth and thus are treated with hormonal therapy. However, resistance almost always emerges as tumors evolve into a castration-resistant state. The evolution of resistance can follow different paths, and castration-resistant prostate cancer (CRPC) exhibits multiple epigenomic subtypes: androgen receptor-dependent CRPC-AR, and lineage plastic subtypes CRPC-SCL (stem cell-like), CRPC-WNT (Wnt-dependent), and CRPC-NE (neuroendocrine). By transcriptomic profiling of tissue, and whole-genome sequencing (WGS) of tissue and cell-free DNA (cfDNA) from 500 patient samples, we relate genomic variants with epigenomic state. We annotate fractional contribution of each subtype for all patient samples using deconvolution approaches with a set of signature genes and accessible chromatin sites. We confirm that AR amplifications at the genomic level are associated with the emergence of CRPC-AR, and RB1 biallelic loss is associated with CRPC-NE. Importantly, we find chromosomal rearrangements in the YAP/TAZ pathway are associated with the presence of CRPC-SCL. In particular, we find complex rearrangements on chromosome 4, which are supported by patient-matched Hi-C data, and decrease promoter interactions of MOB1B, a YAP/TAZ pathway inhibitor, with its enhancers. Together, the genomic variants in the pathway can predict CRPC-SCL with 79% accuracy. By computing cancer cell fraction (CCF) of the genomic events, we find high concordance between the CCF of genomic events and the fraction of their associated epigenomic subtype. Thus, higher CCF of chr 4 rearrangements corresponds to higher tumor fraction of CRPC-SCL. Our study shows how genomic events enable transition to different CRPC states that exhibit differential therapeutic susceptibilities. Citation Format: Marjorie Roskes, Alexander Martinez-Fundichely, Sandra Cohen, Metin Balaban, Chen Khuan. Wong, Weiling Li, Tonatiuh A. Gonzalez, Anisha B. Tehim, Hao Xu, Shahd ElNaggar, Matthew Myers, Andrea Sboner, Benjamin J. Raphael, Yu Chen, Ekta Khurana. Chromosomal rearrangements at the YAP/TAZ pathway genes are associated with heterogeneity and stem cell-like castration-resistant prostate cancer [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference in Cancer Research: Cancer Evolution: The Dynamics of Progression and Persistence; 2025 Dec 4-6; Albuquerque, NM. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2025;85(23_Suppl):Abstract nr B013.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,008 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».