Chromosome-Level Assembly of Winged Bean Genome Reveals Evolutionary Insights
Notice bibliographique
Résumé
Winged bean ( Psophocarpus tetragonolobus ) is an underutilized legume of high nutritional and agronomic value, yet its genomics has lagged behind major crops. Here we present and synthesize a chromosome-level assembly for winged bean and use it to chart genome organization, evolutionary history, and breeding applications. We combined long-read sequencing with Hi-C scaffolding to generate contiguous pseudomolecules, benchmarked assembly quality using standard metrics (e.g., contiguity statistics, BUSCO completeness) and validated structure with linkage consistency and read-mapping; gene models were produced through an evidence-integrated annotation pipeline and assessed for functional reliability. Chromosomal analyses revealed karyotype structure, centromeric/telomeric signatures, repeat landscapes, and spatial patterns of gene density, recombination hotspots, and A/B compartments that delineate 3D genome architecture. Comparative genomics against related legumes (e.g., soybean, cowpea) uncovered conserved syntenic blocks alongside lineage-specific rearrangements, divergence events, and the contraction/expansion of gene families linked to stress resilience, defense, and nutrient/metabolite biosynthesis, including key modules for nodulation and symbiosis. A case study identified a chromosomal inversion associated with pod size and developmental regulation, supported by synteny breaks, allelic variation, and differential expression, and we highlight markers and candidate targets for selection. Finally, we outline how this assembly enables marker-assisted selection, genomic prediction, and genome editing to accelerate improvement of nutritional quality and stress tolerance. Together, these resources establish a foundational reference for winged bean biology, clarify its evolutionary trajectory within legumes, and set practical priorities for pre-breeding and crop enhancement over the coming decade.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».