Reply to “Methylation-based droplet digital polymerase chain reaction shows high concordance with chronic lymphocytic leukemia <i>IGHV</i> somatic mutation status”
Notice bibliographique
Résumé
DEAR EDITOR, We thank Satapathy et al1 for their thoughtful comments on our article and welcome the opportunity to clarify the points raised. The basis for methylation-based droplet-digital polymerase chain reaction (ddPCR) prediction is the strong correlation between epitypes and IGHV categories in chronic lymphocytic leukemia (CLL). Since our target CpG site correlates with IGHV status, it is not surprising that it also separates epitypes: low programmed/naive CLL from intermediate programmed/intermediate (IP/i) and high programmed/memory CLLs (Figure S1C and S1D in our original study).2 For our study, we did not attempt to identify biomarkers that predict the IP/i-CLL epitype alone and concede that IP/i-CLLs that carry unfavorable R110 mutations will be mostly grouped with mutated (M) CLLs. Of note, prior studies showed that the 3 epitypes defined by complex signatures can be faithfully recapitulated by testing 5 CpG sites by bisulfite pyrosequencing3 or 7 sites by mass spectrometry–based methylation iPLEX (me-iPLEX).4 Testing additional CpG sites by PCR may similarly improve the ability to predict IGHV status, as is also suggested by our analyses with 2 array probes (Figure 1; Figure S1A and S1B in our original study).2
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,016 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,024 | 0,016 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».