Genomic evidence for a-α heterothallic and α-α unisexual mating and recombination in an environmental Cryptococcus deneoformans population
Notice bibliographique
Résumé
Cryptococcus deneoformans is a human fungal pathogen capable of both a-α and α-α mating and sexual reproduction in laboratory settings. However, the extent of a-α and α-α sexual reproductions in natural populations remain unexplored. Here we analyzed the whole-genome sequences of 24 environmental strains of C. deneoformans from western Saudi Arabia, including one MATa and 23 MATα isolates, with 15 MATα isolates belonging to multi-locus sequence type ST160 as defined by their combined DNA sequences at seven loci. To identify signatures for a-α and α-α reproduction, three samples were analyzed: total, MATα, and ST160. For each subpopulation, single nucleotide polymorphisms (SNPs) were identified for both the nuclear and mitochondrial genomes and subjected to four-gamete tests. In the total population and the MATα subpopulation, variable proportions of SNP pairs within as well as between the nuclear and the mitochondrial genomes showed evidence for recombination. Though no mitogenome SNPs were found among the 15 strains of ST160, the nuclear genome showed clear evidence for recombination, including among SNPs within the MATα mating type locus. In addition, the nuclear genome SNP pairs located further apart on the same chromosome showed a greater frequency of recombination in all three sample types. In contrast, mitogenome SNPs involved in recombination were mainly located in two large genomic regions. Together, these results provide robust evidence for both a-α and α-α sexual reproduction within this environmental population of C. deneoformans.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».