Changes in nuclear and mitochondrial DNA methylation in cow blood associated with age and disease
Notice bibliographique
Résumé
DNA methylation is among the most promising biomarkers for age prediction, enabling the development of epigenetic clocks that correlate methylation profiles with chronological age. In this study, we investigated the relationship between ageing and disease susceptibility, focusing on both nuclear and mitochondrial DNA methylation in dairy cows. Genome-wide DNA methylation profiling was performed using enzymatic methyl-seq, covering 53 million CpG sites. The dataset included 96 cows with different phenotypes, sampled cross-sectionally and ranging from 2 to 9 years of age. We applied elastic net regression to identify the most predictive CpG sites for age estimation, achieving a mean absolute error of 111 days with a strong correlation to chronological age r = 0.97. Beyond chronological age prediction, we assessed the impact of disease status on epigenetic ageing. Our results revealed accelerated epigenetic ageing in cows susceptible to diseases, suggesting a link between health-related stress and disrupted DNA methylation dynamics. We further identified age-associated promoter methylation changes, particularly in MAB21L1, which may play a role in molecular ageing mechanisms. Additionally, we observed a decline in mitochondrial DNA methylation with age, notably in genes encoding Cytochrome c oxidase (COX), indicating a possible connection between mitochondrial dysfunction and epigenetic regulation. An inverse correlation between D-loop methylation and mtDNA copy number was also observed. This study demonstrates the potential of epigenetic models for biological age prediction in livestock, while recognizing that their accuracy may vary among species with different lifespans.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».