An extended structure of the intracellular domain of the Torpedo nicotinic acetylcholine receptor and its proposed interactions with rapsyn
Notice bibliographique
Résumé
Abstract To gain insight into the interactions between rapsyn and the nAChR that induce clustering at the post-synaptic membrane, we refined a cryo-EM dataset using an intracellular domain focused strategy to obtain a 3.0 Å map with the most extensive density yet for the intracellular domain of the Torpedo nAChR. The improved map allowed us to extend the structure beyond the MX α-helix and prior to the MA α-helix of the intracellular domain. The new structure defines a sharp N-terminal boundary of each MA α-helix to place agrin-dependent phosphorylated tyrosines unambiguously within the flexible regions of the MX-MA loops. Two distinct conformations of the α δ M4 α-helix were also resolved, indicating that M4 conformational heterogeneity reflects intrinsic flexibility rather than a change in gating state. The new structural constraints defined for the MX-MA loop were then used to evaluate AlphaFold3-predicted full-length models of the nAChR, rapsyn, and various rapsyn-nAChR complexes, identifying a consistent, asymmetric 3:1 binding architecture where each rapsyn is always sandwiched between the MX-MA loops from two subunits and where each phospho-tyrosine is lodged in a cationic pocket formed by conserved residues implicated in congenital myasthenic syndromes. The defined architecture fits published cryo-ET maps of Torpedo post-synaptic membranes and explains how both phosphorylated tyrosines and myasthenic syndrome-causing rapsyn mutations modulate receptor clustering.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».