Predictive markers of SARS-CoV-2 spike-specific cytotoxic T cell activity following Omicron breakthrough infection
Notice bibliographique
Résumé
At a population level, evaluation of vaccine efficacy and of immunity in general focuses on measuring humoral immunity, especially antibody-mediated neutralization. However, antibody-dependent cell-mediated cytotoxicity (ADCC) and cellular immunity are key processes for pathogen clearance and often provide broader protection against emerging variants. More information on vaccine and infection-related determinants or markers of cell-mediated cytotoxicity is needed to inform design of standardized, high throughput tests assessing these processes. We previously showed that persons infected with SARS-CoV-2 prior to vaccination (hybrid immunity) had polyfunctional CD8+ T cells and robust ADCC against SARS-CoV-2 spike (S), while persons infected with Omicron after vaccination (breakthrough infection) had weak ADCC. In the current study, we investigated the impact of Omicron breakthrough infection on S-specific cellular immunity, including polyfunctional CD8+ T cell and cytotoxic T lymphocyte (CTL) levels of 28 previously uninfected individuals vaccinated either two or three times against SARS-CoV-2. In the group with three vaccinations, Omicron breakthrough infection significantly increased the frequency of circulating SARS-CoV-2 S-specific T cells, polyfunctional interferon-gamma and interleukin-2-producing SARS-CoV-2 S-specific CD8+ T cells and CTL after in vitro stimulation. Matrix testing with overlapping S peptides indicated recognition of one to two CTL epitopes per individual and revealed two previously unreported epitopes. Circulating S-specific cellular immune response magnitude neither correlated with, nor predicted CTL activity against SARS-CoV-2 S, but polyfunctional S-specific CD8+ T cell frequency seven days after stimulation and antibody reactivity against determinants indicating robust ADCC were both associated with day 10 CTL activity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».