Infection with gut parasites correlates with gut microbiome diversity across human populations in Africa
Notice bibliographique
Résumé
Soil-transmitted helminths (STH) are common in (sub)tropical regions and primarily affect impoverished populations. These parasites reside in the gut, where they interact with both the microbiota and host immunity. Clinical STH detection is laborious and often not performed within the context of gut microbiome studies. Here, we present a proof-of-concept study assessing whether fecal metagenome data could be used to assess STH infection, and to relate STH infection to microbiome features. We leveraged 310 gut metagenomes obtained from mother-child pairs in two different locations in Gabon: one rural and one semi-urban, and assessed the presence of four STH species (Ascaris lumbricoides, Strongyloides stercoralis, Trichuris trichiura, and Necator americanus) using qPCR. Sequence data were used to characterize the microbiomes and to detect these parasites. Metagenomic read mapping and genome coverage metrics closely matched qPCR detection patterns. Within-location analyses revealed that parasite species richness was associated with microbiome diversity and taxonomic composition, with the strongest associations observed in children from the rural site. Applying this approach to published data from five additional African cohorts identified context-specific parasite-microbiome associations, as well as a modest but reproducible association between microbiome alpha diversity and parasite infection. These findings highlight the potential of shotgun metagenomics for concurrent parasite detection and microbiome profiling across diverse geographic and demographic contexts.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».