Characterizing population-wide genomic risk distribution for development of a novel clinical-genomic risk system for prognostication in patients with clinically localized prostate cancer
Notice bibliographique
Résumé
PURPOSE: Genomic classifiers are endorsed by guidelines and commonly used to inform prognosis in prostate cancer. We aimed to understand the distribution of genomic risk within the validated staging collaboration for cancer of the prostate (STAR-CAP) and propose a system integrating genomic and clinicopathologic risk. We hypothesized that genomic heterogeneity would have implications on risk estimates and may inform treatment decisions. MATERIALS AND METHODS: Genomic risk was assessed using the Decipher genomic classifier in two separate multi-institutional, prospectively collected population-based registries: (1) Decipher Genomics Resource for Intelligent Discovery (GRID) [n = 50,891] and (2) Michigan Urological Surgery Improvement Collaborative (MUSIC-Decipher) [n = 1602]. The primary endpoint was estimated prostate cancer-specific mortality (PCSM), and secondary endpoint was distant metastasis (DM). Marginal risk estimates provided by STAR-CAP were combined with hazard ratios of Decipher to calculate integrated risk estimates. RESULTS: Median age and PSA was 68 years and 6.2 ng/mL in GRID, and 66 years and 10.5 ng/mL in MUSIC. The GRID population had 50.2%, 18.5%, and 31.4% with low-, intermediate-, and high-Decipher risk, compared to 48.0%, 16.2%, and 35.8% in MUSIC. Decipher-based genomic risk varied across STAR-CAP stages in both registries. Estimates of 10-year PCSM (0.1% to 48.8%) and DM (0.3%-72.9%) varied widely after integration of clinical-genomic risk. Use of an integrated Decipher-STAR-CAP system led to significant stage reclassification, including 23.4% upstaging and 45.6% downstaging at least one stage. CONCLUSIONS: These findings suggest integration of genomic and clinicopathologic risk may lead to more nuanced risk assessment in prostate cancer and may help individualize treatment consideration.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,020 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».