Aptamer-based approaches for sensitive detection and epitope mapping of SARS-CoV-2 spike protein
Notice bibliographique
Résumé
The SARS-CoV-2 spike (S) protein, crucial for viral entry, remains a key target for diagnostics and therapeutics amid evolving variants. Here, we describe the selection and characterization of novel DNA aptamers targeting the S1 subunit, including the Omicron strain, via systematic evolution of ligands by exponential enrichment (SELEX) and biolayer interferometry (BLI). Three aptamers-AptS1-tSP4, AptS1-tSP10, and AptS1-tSP11-exhibited nanomolar dissociation constants (14-59 nM), with AptS1-tSP10 demonstrating good selectivity over MERS-CoV and robust binding in human saliva and pseudovirus samples. Integration with proximity ligation assay and qPCR (PLA-qPCR) achieved a detection limit of 3 pM, surpassing many antibody-based methods. Mass spectrometry-based epitope mapping identified the receptor-binding domain (RBD) peptide VGGNYNYLYR as the primary binding site for AptS1-tSP10. Molecular dynamics and quantum mechanics simulations revealed stable interactions through hydrogen bonding and π-π stacking with neutral residues in both open and closed spike conformations, independent of variant mutations. These multifunctional aptamers offer a versatile platform for ultrasensitive, epitope-specific SARS-CoV-2 detection and pave the way for nucleic acid-based therapeutics to combat viral infections.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».