Revealing gene–metabolite interactions in wheat defenses against <i>Pyrenophora tritici-repentis</i> in resistant and susceptible genotypes
Notice bibliographique
Résumé
Wheat defenses against Pyrenophora tritici-repentis ( Ptr), the cause of tan spot disease, are complex and require further characterization. We previously identified two wheat genotypes, Robigus (resistant) and Hereward (susceptible), and characterized their differentially expressed genes (DEGs) and accumulated metabolites (DAMs) following challenge with Ptr. In this study we uncover coordinated shifts in gene expression and metabolism triggered by Ptr. The DEGs and DAMs from each genotype were integrated using regularized canonical correlation analysis, yielding scale-free networks with 69 745 edges in Robigus and 760 433 in Hereward. In Robigus, hub genes were upregulated at 48 and 96 h post-inoculation and included hst2 (encoding hydroxycinnamoyl-CoA:shikimate hydroxycinnamoyl transferase 2), located within a QTL for Ptr resistance (QTs.fcu-5D locus), a receptor-like kinase, and a late embryogenesis abundant protein (which play roles in cell wall organization). Pathway enrichment showed significant involvement of catalytic activity, chitinase activity, and cell wall metabolic processes. In contrast, Hereward hub genes were mostly downregulated, except for a hexosyltransferase, with enriched pathways related to energy metabolism, such as ATP binding and phosphorylation. These results suggest that cell wall modifications and chitinase activity are part of an effective defense response against Ptr, whereas costly energetic processes may contribute to tan spot susceptibility.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».