The Formation of Covalent Linkages in Lignocellulosic Biomass via the Oxocarbenium Intermediate
Notice bibliographique
Résumé
Understanding the formation of lignin-carbohydrate complex (LCC) linkages in lignocellulosic biomass (LCB) is crucial because these interactions contribute to plant recalcitrance. Herein, a new mechanism for LCC linkage formation, based on the formation of the oxocarbenium intermediate, is explored. We applied density functional theory to monosaccharides and monolignol molecules serving as models for LCB. Mannopyranose, xylopyranose, arabinofuranose, and glucopyranuronic acid were used for hemicellulose; p-coumaryl alcohol, coniferyl alcohol, and sinapyl alcohol were employed for lignin. Computations without explicit water molecules predict the stable formation of glycosidic bonds between all lignin and sugar models, with some exceptions. Including explicit water molecules showed that, for all systems, the formation of LCC bonds is more thermodynamically favorable than in the absence of water or when using implicit solvent models. The explicit solvent models indicate that hydrogen bonds involving water and organic molecules promote the formation of stable LCC bonds. Transition states and intermediates associated with oxocarbenium ions were found for mannopyranose and xylopyranose, thus evaluating the kinetics of LCC linkage formation for major components of hemicellulose. These results suggest that glycosylation reactions via the oxocarbenium intermediate can occur in plant cell walls, further providing evidence for the formation of covalent LCC linkages in LCB.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».