The mitochondrial proteome of diplonemids: from conventional pathways to eccentric RNA editing and transcript processing
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Diplonemids constitute an abundant and geographically widespread but little-studied group of marine protists. A hallmark of this lineage, the kinetoplastid sister group within Euglenozoa, is a mitochondrial genome comprising numerous small circular DNA molecules that carry fragments of mitochondrial genes. Complex RNA processing of the corresponding transcripts involves numerous ligation and RNA editing steps in the production of mature RNA species. To assess the diplonemid mitochondrial proteome and, in particular, to search for proteins that might mediate RNA processing, we undertook a comprehensive in silico analysis to predict candidate mitochondrial proteins in the type species Diplonema papillatum. RESULTS: Using sequence similarity searches in conjunction with a mitochondrial targeting pipeline, we identified at least 1878 candidate nucleus-encoded mitochondrial proteins in addition to 16 mitochondrion-encoded proteins described previously. Despite the highly unconventional nature of the mitochondrial genome in D. papillatum, its mitochondrial proteome (mitoproteome) contains virtually all the functionally most important proteins that are ubiquitous among aerobic mitochondria, and several novel proteins that have been recruited in the euglenozoan last common ancestor to augment complexes involved in coupled electron transport oxidative phosphorylation and mitochondrial ribosome formation. Notably, we identified several individual proteins and multi-protein families that are candidates for RNA ligation and editing enzymes. CONCLUSIONS: This first comprehensive mitoproteome data for a diplonemid, together with published mitoproteome data for other members of Discoba, allows us to make inferences about marked changes in mitochondrial structure and function that have occurred since the divergence of diplonemids and other euglenozoans from the last common discobid ancestor.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».