Quantitative trait loci underlying resistance to the soybean cyst nematode in PI 507354
Notice bibliographique
Résumé
Due to the current prevalence and shift in virulence of Heterodera glycines, the soybean cyst nematode (SCN), there is a pressing need to find sustainable alternatives or complements to the commonly found Rhg1 and Rhg4 resistance loci. The objective of this study was to find novel quantitative trait loci (QTL) to expand the toolbox for SCN resistance. To do so, a population of recombinant inbred lines named QS13073 was generated from a biparental cross between an SCN-susceptible cultivar (S12-A5) and an SCN-resistant accession (PI 507354, also named Tokei 421). Using four mapping algorithms (SMA, ICIM, GCIM, and R/qtl2), seven loci, including rhg1a and Rhg4-a, involved in the resistance to SCN Hg type 5.7 were identified. To the best of our knowledge, two QTL (Chr.10-QTL and Chr.19-QTL) were novel, while three others (Chr.07-QTL, Chr.14-QTL, and Chr.20-QTL) were previously identified by other researchers. Based on statistical analyses, two loci, Chr.10-QTL and Chr.20-QTL, seemed to be partially viable alternatives to the rhg1a and Rhg4-a loci, as they were demonstrated to be effective in the Rhg1 and/or Rhg4 susceptible backgrounds. Using a four-step prediction pipeline, seven candidate genes ( Glyma.07G196800, Glyma.07G199700, Glyma.07G203300, Glyma.07G206200, Glyma.14G019600, Glyma.14G025800, and Glyma.20G197600) were identified in the narrow regions of Chr.07-QTL, Chr.14-QTL, and Chr.20-QTL. Based on these predictions and a thorough literature review, we consider that Glyma.07G196800, Glyma.07G203300, and Glyma.07G206200 are the best candidates for Chr.07-QTL. In conclusion, our study strengthens our understanding of the genetic loci underlying SCN resistance and diversifies the single nucleotide polymorphism marker catalog currently available to breeders.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».