Near complete T2T genome assembly of the banded goonch (Bagarius rutilus)
Notice bibliographique
Résumé
The order Siluriformes, a hyperdiverse teleost clade with over 3,000 species, exemplifies adaptive radiation through significant phenotypic innovations such as aerial respiration. However, the limited availability of high-quality genomes, particularly in underrepresented families such as Sisoridae, has hindered phylogenomic and mechanistic studies of their ecological diversification. Here, we present a nearly complete telomere-to-telomere (T2T) genome assembly of Bagarius rutilus (Banded Goonch) generated by a hybrid sequencing approach integrating PacBio HiFi, Oxford Nanopore ultra-long and Hi-C technologies. The 618.3 Mb genome (contig N50 = 21.06 Mb, scaffold N50 = 25.46 Mb) was resolved into 26 chromosomes, achieving a genome coverage of 98.17%. The quality of the assembly was validated by a BUSCO score of 97.5% (Actinopterygii_odb10) and high conservation of synteny with other catfish species. Based on RNA sequencing, homology-based and de novo annotation, we identified 29,106 protein-coding genes. This chromosome-level genome represents one of the highest quality Siluriformes assemblies to date and provides a critical resource for reconstructing adaptive landscapes and exploring the genetic basis of phenotypic innovation in catfish.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».