Genome sequence assembly and annotation of <i>MATA</i> and <i>MATB</i> strains of <i>Yarrowia lipolytica</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Yeast is commonly utilized in molecular and cell biology research, and Yarrowia lipolytica is favored by bioengineers due to its ability to produce copious amounts of lipids, chemicals, and enzymes for industrial applications. Y. lipolytica is a dimorphic yeast that can proliferate in aerobic and hydrophobic environments conducive to industrial use. However, there is limited knowledge about the basic molecular biology of this yeast, including how the genome is duplicated and how gene silencing occurs. Genome sequences of Y. lipolytica strains have offered insights into this yeast species and have facilitated the development of new industrial applications. Although previous studies have reported the genome sequence of a few Y. lipolytica strains, it is of value to have more precise sequences and annotation, particularly for studies of the biology of this yeast. To further study and characterize the molecular biology of this microorganism, a high-quality reference genome assembly and annotation has been produced for two related Y. lipolytica strains of the opposite mating type, strain E122 (MATA) and 22301-5 (MATB). The combination of short-read and long-read sequencing of genome DNA and short-read and long-read sequencing of transcript cDNAs allowed the genome assembly and a comparison with a distantly related Yarrowia strain.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».