Genome-wide SNP diversity in natural and cultivated populations informs restoration ecology with three <i>Calamagrostis</i> species from the Northwest Territories of Canada
Notice bibliographique
Résumé
There is growing demand for data-driven frameworks to guide robust plant restoration strategies in response to anthropogenic disturbances. Several seed-sourcing (i.e., provenancing) strategies have been proposed, which balance the use of locally adapted genotypes against mixed genotypes to reduce mutation load or assist migration to anticipate future climate scenarios. However, taxonomic uncertainty and lack of data characterizing genetic differentiation and gene flow have hindered provenancing strategies for many ecologically important non-model plant species, especially those in remote but vulnerable regions like the boreal forests of northern Canada. To guide provenancing strategies following anthropogenic disturbance in Canada's Northwest Territories, we characterize species-specific markers, population structure and hybridization among three Calamagrostis species. Double digest RAD sequencing (ddRAD) resulted in 2951 polymorphic loci across 27 individuals, which we used to design loci for genotyping in thousands by sequencing (GT-seq), a cost-efficient target loci approach resulting in 256 polymorphic loci across 93 individuals from wild C. canadensis, C. stricta ssp. inexpansa and C. purpurascens seed accessions. To help define the scale of 'local' populations for seed sourcing, we characterized geographic variation and population structure among 57 field-collected seed accessions. We also assessed genetic relationships of wild C. canadensis to 69 individuals across eight commercially maintained cultivars used in restoration projects. We found that GT-seq yields similar genetic differentiation patterns as common neutral molecular marker approaches like ddRAD-seq. Specifically, we resolve morphologically misidentified individuals, identify genetic hybrids and characterize the scale of genetic isolation-by-distance. Finally, we determined that three cultivar seed sources were genetically similar to southern wild individuals, whereas five cultivars aligned with northern wild individuals of C. canadensis in the Northwest Territories of Canada. Overall, our results highlight the benefits of cost-effective methods for genome-wide multi-locus genotyping to inform provenancing best-practices and support more effective and sustainable restoration efforts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».