A nuclear-targeted activity-based sensing probe for ratiometric imaging of formaldehyde reveals endogenous epigenetic contributors to the nuclear formaldehyde pool
Notice bibliographique
Résumé
Formaldehyde (FA) is both a one-carbon (1C) metabolite and a potent genotoxin in living cells. FA plays beneficial roles in endogenous catabolic processes and cellular signaling, but its potent electrophilicity necessitates strict regulation. This dichotomy is especially important in the nucleus, where endogenously produced FA has been shown to promote toxicity and disease by generating deleterious DNA adducts. More broadly, the sources and scavenging mechanisms of FA differ across subcellular compartments, underscoring the need for imaging sensors with subcellular spatial resolution to accurately probe contributions of FA to transient, local 1C pools. Here, we report NucRFAP-2, a nuclear-targeted, activity-based ratiometric probe for FA detection, and apply it to monitor dynamic changes in the nuclear FA pool. Using this first-generation reagent for nuclear FA imaging, we demonstrate that genetic perturbation of key FA clearance pathways alters nuclear FA levels by identifying alcohol dehydrogenase 5 (ADH5) as a principal regulator of nuclear FA homeostasis. Furthermore, NucRFAP-2 reveals elevated nuclear FA pools in patient-derived T and B lymphocytes deficient in Wiskott-Aldrich syndrome protein (WASp) and Fanconi anemia group D2 protein (FANCD2), suggesting that replication-associated epigenetic rewiring may contribute to aldehyde-associated pathologies. By demonstrating the ability of NucRFAP-2 to reveal an interplay between FA metabolism, genome integrity, and 1C homeostasis, we showcase this probe as a potentially powerful chemical tool to uncover novel mechanisms of nuclear FA biology.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».