Genetic Analysis of Resistance to Pythium Ultimum aMajor Component of Replant Disease in AppleRootstocks
Notice bibliographique
Résumé
Apple rootstocks from the Geneva® breeding program tolerated apple replant disease in experimental and commercial plantings in North and South America, Europe and Africa. Apple replant disease (ARD) is biological in nature and composed of several fungal, oomycete and nematode actors that when combined can stunt or even kill young roots. A major contributor to the ARD syndrome is the necrotrophic soilborne oomycete Pythium ultimum, which can individually overwhelm young roots and root hairs causing them to decline. Genetic resistance to ARD and its components has been incorporated into apple rootstocks from a wild apple species Malus x robusta‘Robusta 5’. This research was aimed at increasing our understanding of the genetic complexity of the resistance to P. ultimumin progeny of ‘Robusta 5’. In a replicated experiment we phenotyped 48 individual progeny (breeding lines) belonging to a larger population derived from a cross between replant susceptible apple rootstock ‘Ottawa 3’ and resistant ‘Robusta 5’. We also leveraged existing genomic infrastructure in the form of high-density genetic maps composed of microsatellite and single nucleotide polymorphic markers segregating in the same cross. When combined with the genotypic means of the 48 progeny in Quantitative Trait Locus (QTL) analysis, candidate genomic locations were identified on chromosomes 2, 5, 13, 16 and 17 that were associated with relative susceptibility of those breeding lines to P. ultimuminfection. The allelic effects of the loci were measured using a generalized linear model and their combinatorial interactions were studied. Of the resistance allelic effects examined all but one were derived from ‘Robusta 5’. The ultimate goal of this work is to develop genetic markers that can aid in the selection of P. ultimumresistant rootstocks. However, the multi-locus nature of this resistance trait may necessitate that only loci with larger effects (on chromosome 5, 17 and 13) be targeted for further development.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,007 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».