Increasing the predictive accuracy of the Resistance Gene Identifier by evaluating antimicrobial resistance gene over- and underprediction
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Computational biology is paving the way towards accessible antimicrobial resistance (AMR) gene (ARG) detection methods to complement canonical gold-standard phenotypic diagnostics for the purposes of antimicrobial surveillance. However, obtaining an accurate depiction of phenotypic resistance through genotypic methods requires addressing potential over- and underprediction of ARGs. This study assessed the manual curation accuracy of bit-score cutoff values associated with bioinformatic models within the Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD) and the subsequent effects of erroneous cutoff curation, leading to potential Type I and Type II error, on its in silico resistome prediction tool, the Resistance Gene Identifier (RGI). CARD models rarely overpredicted (5 of 3,900 models with >5% false positive rates) but somewhat underpredicted (739 of 3,900 models with >5% false negative rates) resistance-associated sequences and mutations, emphasizing RGI’s conservative prediction algorithms. Isolating curation inaccuracies by AMR gene family, efflux-related families were the main contributors to overprediction (likely due to human curation error), while underprediction was primarily due to beta-lactamase families, the latter finding highlighting systemic curation deficiencies.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,011 | 0,032 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».