Separation of Sulfated Fucose-containing Isomers found in L.digitata using Cyclic Ion Mobility Mass Spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
Brown seaweeds and some marine invertebrates contain bioactive polysaccharides including fucoidan. These biopolymers have antimicrobial, antibacterial, and antifungal properties, and improved characterization of their structures would be valuable as it can correlated with their bioactivity. To our knowledge, fucoidan extracted from the macroalga Laminaria digitata has not been structurally determined. In this paper, we show that both singly and doubly sulfated fucose units, and singly sulfated galactose species present within fucoidan exist as isomers. These were identified via analysis of the biopolymer using Cyclic Ion Mobility Mass Spectrometry (cIM-MS), which has not been used to determine isomeric species present in fucoidan-derived structures previously. Along with using cIM, tandem MS (MS/MS) also provided unique fragmentation related to differing sulfate locations and glycosidic linkages. Along with sulfate location, connectivity positions between both sulfated fucose and galactose trimers and dimers respectively, were identified using Collisional Cross Section (CCS) modelling and drift times from cIM. Previous studies determined that linkage between the sulfated galactose dimer ([Gal2SO3]-) were linked (1→4) due to the presence of m/z = 361. However, differences in both fragmentation and drift time suggest changes in glycosidic linkages between the monomer units [(1→4) versus ((1→3) linkage]. Ions of high m/z were identified such as [Fuc3(SO3)2-H2O]2-, along with smaller, lighter ions such as a dehydrated singly sulfated fucose monomer ([FucSO3-H2O]-) with m/z = 225. Interestingly, a major ion seen in this work appears at m/z = 357, which we hypothesize as a galactose dimer where one unit has ring-opened to yield a deprotonated glycolic acid ion. The presence of this species has not been reported in earlier structural investigations into fucoidan and speaks to the structural complexity of fucoidan present in Laminaria digitata.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».