Genomic structure and ex situ conservation of the North American grapevine <scp> <i>Vitis labrusca</i> </scp>
Notice bibliographique
Résumé
Societal Impact Statement The North American wild grapevine species Vitis labrusca is an important source of disease resistance and climate resilience traits for breeding new grapevine cultivars. To ensure its continued use in breeding, V. labrusca must be accurately identified, and genetically diverse material must be conserved. We used genomics to examine both currently conserved and additional wild‐collected V. labrusca individuals. We found that many individuals labeled as V. labrusca are likely hybrids and that genetically distinct populations from Virginia and North Carolina are not conserved. By identifying genomic conservation gaps, our findings support more effective conservation strategies which will safeguard V. labrusca for future use in breeding. Summary Crop wild relatives, such as the North American grapevine Vitis labrusca , are valuable sources of disease resistance and climate resilience for breeding improved plant cultivars. To support their continued use in breeding both in situ (in natural habitat) and ex situ (off‐site) conservation is required. We assessed how well the United States Department of Agriculture (USDA) ex situ collection represents the genomic diversity of V. labrusca . We examined 314 accessions of V. labrusca , including accessions conserved in the USDA germplasm collection and wild‐collected accessions. Using genotyping‐by‐sequencing, we identified over 44,000 genetic markers which we used to determine population structure, potential mislabeling or hybridization, and the extent to which ex situ conserved accessions adequately capture this species. Approximately one third of the accessions examined in this study were identified as putative hybrids, highlighting the need for living germplasm collections given the high likelihood of hybrid seed. We also identified both geographic and genomic conservation gaps in conserved V. labrusca . Our results demonstrate the need for improved genetic validation of conserved grapevine germplasm as well as additional sampling to improve representation of wild V. labrusca conserved ex situ. We highlight geographic areas, particularly in Virginia and North Carolina, for additional collection efforts to help safeguard this important species for biodiversity conservation as well as future breeding and research efforts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».