Peptidoglycan recruitment by a penicillin binding protein
Notice bibliographique
Résumé
The cell wall is essential for bacterial survival. Its core component is peptidoglycan (PG), a polymer comprised of disaccharide-peptides (stem peptides) that are cross-linked to one another via transpeptidation by penicillin-binding proteins (PBPs). While much is known about how PBPs are inactivated by β-lactam antibiotics, little is known about how PBPs bind and catalyze the transpeptidation of PG. Here we show how native PG and stem peptides are recruited to PBP5 of E. faecium, a critical ESKAPE pathogen. We discovered that PG binds PBP5 at the periphery of the PBP active site cleft, not the active site, and that the D-Ala leaving group contributes minimally to PBP binding. We show that β-lactam antibiotics and stem peptides can bind PBP5 simultaneously. We also show that only the single central residue of the stem peptide (L-Lys substituted by D-iAsn in E. faecium) is both necessary and sufficient for peptide recruitment. Finally, we translate our molecular findings by demonstrating that recruitment binding variants are unable to create a PG cell wall in E. faecium. Our studies define the key molecular interactions that govern bacterial cell wall formation and provide opportunities for the development of antibiotics that do not rely on PBP inactivation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».