Identification and Application of Phocaeicola-Specific Conserved Signature DNA Markers for Human Fecal Source Tracking
Notice bibliographique
Résumé
A major goal of fecal pollution monitoring in the environment is to identify point sources of fecal contamination that may pose potential health risks due to animal- and human-specific pathogens. Ideal source tracking markers should have high host specificity and can be employed for the unambiguous identification of the host/fecal point sources. Conserved signature proteins (CSPs) are a class of unique, phylogenetically coherent indicators that are specific to a given taxon (e.g., genus or species). In this study, we report the identification and characterization of a new CSP, whose gene (designated as CSP-DV) is present in a single copy, and for whom homologs showing a high degree of sequence similarity are found only in genomes of Phocaeicola dorei and Phocaeicola vulgatus, two commensal species commonly found in the human gut and feces. We developed a qPCR method targeting this CSP gene to explore its usefulness as a human source tracking marker. We confirmed that the CSP-DV marker showed an absolute human sensitivity (100%) but some cross-reactivities in chicken, cats, dogs, rabbits, and rodents. In recreational water, the CSP-DV marker gene levels were well correlated with those of HF183, a well-validated human marker that predominantly targets the 16S rRNA gene of P. dorei, suggesting that it can be a new potential source tracking tool for human fecal contamination in specific environmental waters. In summary, our CSP-DV marker targets Phocaeicola clade-specific microbes and can provide an additional approach independent of the 16S rRNA gene to detect human sources of fecal pollution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».