Comparative Genomics Analysis of Three Species of Root-Lesion Nematodes, <i>Pratylenchus</i> spp., Suggests an Intricate Evolutionary Origin of Effector Genes
Notice bibliographique
Résumé
Root-lesion nematodes of the genus Pratylenchus, which includes over 100 species, are among the most damaging plant-parasitic nematodes, affecting a wide range of crops globally. Their migration in and out of roots causes mechanical damage and necrosis, leading to significant yield losses worldwide. In this study, we generated high-quality genome assemblies for three Pratylenchus species, P. penetrans, P. crenatus, and P. neglectus, isolated from potato fields across Canada. Using in silico analyses, we performed comprehensive genome annotation, comparative gene family analysis, and life-stage-specific gene expression profiling to investigate candidate genes likely involved in host interactions. Horizontal gene transfer (HGT) events were also predicted using the Alienness vs Predictor tool, based on protein homology comparisons and phylogeny between metazoan and non-metazoan taxa. These analyses revealed unique genomic structures, expansions of effector genes, and putative HGT events that may contribute to parasite adaptability. Notably, in P. crenatus and P. penetrans, the diversification and expansion of effector repertoires, combined with species-specific HGT candidates, could suggest evolutionary adaptations to support a broad host range. In contrast, the more compact effectorome of P. neglectus points to a parasitic strategy based on broad acting effectors. Although these findings provide an initial genome-scale view of the molecular toolkit used by these nematodes, they are based on computational predictions and await functional validation. This study lays a foundation for future research into the molecular mechanisms underlying parasitism, host adaptation, and nematode evolution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».