X-rays have little impact on estimates of biodiversity from marine sedimentary ancient DNA metabarcoding
Notice bibliographique
Résumé
Sedimentary ancient DNA (sedaDNA) recovered from marine sediments offers valuable insights into past ocean biodiversity through ecosystem reconstructions ranging from decadal to glacial-interglacial timescales. The current best-practice in ancient DNA research is to collect new sediment cores with clean sampling protocols in an effort to prevent modern DNA contamination and minimize post-collection DNA degradation. However, new core collection can pose a barrier to research due to the high costs associated with project-specific expeditions; it also excludes leveraging existing sediment core archives. In general, the recommendation is founded on an abundance of caution rather than evidence-based guidelines. Here, we present a comparative study on the impacts of X-Radiography sediment analysis and different extraction methods on marine sedaDNA outcomes in an archived core to help develop such guidelines. We found that exposure to standard X-ray imaging had no significant impact on sedaDNA recovery, co-extraction of inhibitors (e.g. humic acids), metabarcoding diversity metrics, community structure or composition. The extraction method, however, has a significant impact on sedaDNA recovery/inhibition, diversity metrics, community structure, and composition. Laboratory methodological design for marine sedaDNA studies is, therefore, a critical consideration for future research, whereas standard X-ray screening by marine geoscientists appears benign to the parameters measured. Our results support the use of archived sediments for prospective sedaDNA work, thus reducing a considerable barrier to the field.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,019 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».