X-rays have little impact on estimates of biodiversity from marine sedimentary ancient DNA metabarcoding
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Sedimentary ancient DNA (sedaDNA) recovered from marine sediments offers valuable insights into past ocean biodiversity through ecosystem reconstructions ranging from decadal to glacial-interglacial timescales. The current best-practice in ancient DNA research is to collect new sediment cores with clean sampling protocols in an effort to prevent modern DNA contamination and minimize post-collection DNA degradation. However, new core collection can pose a barrier to research due to the high costs associated with project-specific expeditions; it also excludes leveraging existing sediment core archives. In general, the recommendation is founded on an abundance of caution rather than evidence-based guidelines. Here, we present a comparative study on the impacts of X-Radiography sediment analysis and different extraction methods on marine sedaDNA outcomes in an archived core to help develop such guidelines. We found that exposure to standard X-ray imaging had no significant impact on sedaDNA recovery, co-extraction of inhibitors (e.g. humic acids), metabarcoding diversity metrics, community structure or composition. The extraction method, however, has a significant impact on sedaDNA recovery/inhibition, diversity metrics, community structure, and composition. Laboratory methodological design for marine sedaDNA studies is, therefore, a critical consideration for future research, whereas standard X-ray screening by marine geoscientists appears benign to the parameters measured. Our results support the use of archived sediments for prospective sedaDNA work, thus reducing a considerable barrier to the field.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,008 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle