A rare recombination allows the redefinition of a major avirulence gene in the <i>Phytophthora sojae</i> genome
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Significant yield losses in soybean production are imputable to Phytophthora root and stem rot (PRR) caused by Phytophthora sojae . Soybean resistance to the pathogen depends on the presence of resistance genes ( Rps ) that recognize key effectors from P. sojae , which are encoded by avirulence genes ( Avr ). A unique molecular signature associated with these genes allows the prediction of the outcome of infection with great accuracy making the interaction Rps - Avr central to reduce disease incidence. In this study, we reassessed the identity of the avirulence gene whose protein product is recognized by Rps6 . Following extensive soil sampling and single-spore isolation of a large population of P. sojae , we found two salient isolates carrying a rare recombination between two effectors, Avr3c and Avr4/6 . Using a PCR assay and molecular markers, we showed that only alleles at the Avr3c locus were in perfect association with the phenotypes of the isolates. Furthermore, whole-genome resequencing and de novo assembly of the two isolates revealed the full extent of this genomic rearrangement. These results bring to light an unsuspected connection between Avr3c and Rps6 and offer a more reliable target for the pathotyping of P. sojae , which ultimately leads to a better use of resistant soybean material.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».