Comparative and phylogenetic analyses based on the complete chloroplast genomes of Limonium (Plumbaginaceae) species
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Limonium Mill., a genus belonging to the family Plumbaginaceae, is mainly distributed along the Mediterranean coast of Eurasia. It is known for its rich species diversity and remarkable morphological variation, encompassing both herbaceous and semi-shrub forms. Some species of Limonium have medicinal, economic, and ornamental value in China. However, their genomic and phylogenetic relationships remain unclear. In this study, we sequenced and assembled complete chloroplast genomes of eight Limonium species to address this issue. We conducted comparative and phylogenetic analyses to investigate the genetic structural characteristics and clarify the taxonomic status of 12 Limonium species. RESULTS: The newly obtained circular chloroplast genomes of the eight Limonium species had a quadripartite structure and ranged from 154,545 to 154,960 bp in length. All species contained 128 genes, including 83 protein-coding genes, 37 tRNA genes, and 8 rRNA genes. Despite minor variations in the inverted repeat (IR) boundary regions, the overall genome structure and gene content remained relatively conserved. The rpl16 gene lost its intron and the rpl23gene underwent pseudogenization. We identified 55-73 SSRs repeat sequences and three nucleotide diversity regions that will be used for population genetics and molecular phylogenetic studies of the Limonium genus. The robust phylogenetic tree suggests that species belonging to these sections in Xinjiang, China, have accumulated substantial genetic divergence over long-term evolution, resulting in stable phylogenetic relationships. CONCLUSION: The complete chloroplast genomes of Limonium increase our understanding of the genetic diversity and evolution of Limonium species and further aid in the exploration and utilization of Limonium plants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».