DNA shape and epigenomics distinguish the mechanistic origin of human genomic structural variations
Notice bibliographique
Résumé
The recent advent of long-read whole genome sequencing has enabled us to create an accurate telomere-to-telomere reference genome, construct pangenome graphs, and compile precise catalogs of genomic structural variations (SVs). These comprehensive SV repositories provide an excellent opportunity to explore the role of SVs in genotype-phenotype associations and examine the mechanisms by which SVs are introduced through double-strand break (DSB) repair. Here, we employed comprehensive SV catalogs identified through various short- and long-read whole genome sequencing efforts to infer the underlying mechanisms of SV introduction based on their genomic and epigenomic profiles. Our findings indicate that high local DNA methylation and DNA shape-related features, such as low variations in propeller twist, support the origins of homology-driven SVs. Subsequently, we utilized an active-learning-based unsupervised clustering approach, revealing that homology-dependent SVs show greater evidence of retaining ancestral recombination patterns compared to their homology-independent counterparts. Finally, our comparison of inherited and de novo SVs from healthy populations and rare disease cohorts showed distinct upstream H3K27me3 levels in de novo SVs from individuals with ultra-rare disorders. These findings highlight genome-wide characteristics that may influence the choice of repair mechanisms linked to heritable SV origins.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».