<i>Neisseria gonorrhoeae</i> Sequence Types During an Increase of Gonorrhea Among Young Women in 2022 and 2023 in the Netherlands
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Since September 2022, an ongoing increase in gonorrhea positivity rates and diagnoses among young women visiting sexual health centers was observed in the Netherlands. To gain more insight into possible drivers of this increase, this study aimed to investigate the molecular diversity, clustering, and transmission of Neisseria gonorrhoeae related to the gonorrhea increase in the Netherlands. Methods Between January 2022 and March 2023, viable and stored N gonorrhoeae isolates from vaginal swab samples from 273 women <25 years of age were included from 4 sexual health centers in the Netherlands. All isolates were subjected to whole genome sequencing. The molecular diversity was investigated by analyzing (core genome) multilocus sequence types (STs) over time and by patient characteristics. Results The prevalence of ST7359 and ST7822 increased from <5% in the beginning of 2022 to ∼23% in 2023 and ST9363 from 6% to 14%. ST7359 and ST9363 were associated with hosts with university-level education and Dutch ethnicity. ST7359 and ST7822 also included large clusters of genetically related isolates (<6-gene difference). No indication for reduced antimicrobial susceptibility to ceftriaxone was found in any ST. Conclusions The N gonorrhoeae surge among young women is not caused by a single strain. The prevalence of STs shifted over time, and certain STs were associated with distinct populations and showed clustering of genetically related isolates. These findings suggest rapid clonal expansion of several circulating STs. This may be indicative of increased transmission within specific sexual networks.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».